作品以日本著名推理小說家江戶川亂步的諸多名作為原案，將亂步的幻想世界觀與現代的舞臺相結合。動畫講述在某所中學發生了教師被殺事件。就讀于這所學校的少年小林，與前來搜查事件的天才偵探明智相遇。對于只搜查異常犯罪的明智感興趣的小林，不顧朋友羽柴的反對，自愿成為其“助手”。在接連發生的奇怪事件當中，小林很快和明智展開了調查。