第三季故事開始于第二獨立團抵達查爾斯頓七個月后在此期間查爾斯頓被指定為「新美利堅合眾國」的首都Tom Mason被推選為政治領袖（相當于總統）但他大多數時間不是待在辦公室里處理政務還是率領軍隊頑強抵抗外星入侵者的一次次進攻與前任Manchester博士比起來Tom在對待外星人的態度上更具侵略性也更主動查爾斯頓政府與起義的「突擊者」形成了不太牢靠的聯盟關系Tom讓「突擊者」起義軍留在查爾斯頓與人類并肩作戰但這引發了一些人類的不滿兩個種族的關系持續緊張「突擊者」起義軍在戰斗前總是將臉上涂滿紅黃相間的條紋以紀念在第二季結尾英勇犧牲的領袖「紅眼」Tom的兒子Ben現在是查爾斯頓政府與「突擊者」起義軍之間的聯絡人無論人類還是「突擊者」都明白他們即便聯手也很難打敗強大的敵人——此前被第二獨立團戲稱為「魚頭」的外星種族Espheni雖然他們的君王已死但另一個更強大、更邪惡的君王剛剛繼承了統治權更糟糕的是一個全新的外星種族在雙方激戰正酣時抵達地球并迅速投身戰場